1. 发售版本不同：宝可梦日月于2016年在全球范围内发售，究极日月则是日月的增强版，于2017年在日本发售，其他地区都是2017年晚些时候才开始发售。
2. 新增神兽：究极日月中新增了两只神兽——索尔迦雷欧和露奈雅拉，它们的出现使得游戏更加丰富多彩。
3. 新战斗形式：究极日月新增了一种名为超级对战的战斗形式，其中选手可以选择多只宝可梦进行比赛，在正常情况下，每个人只能选择一只宝可梦参赛。
4. 动画效果增强：究极日月中动画效果相比于日月有了大幅度改善，包括了更多的CG、总体配色更为饱满，同时也加入了更多的特效和动作效果。
5. 地图设计升级：究极日月中，原有的岛屿场景被重新设计，新增了许多新地图，包括草原和真正的城镇等。
6. 添加新的食物：究极日月中，添加了“莓”系统，这个系统通过摘取宝可梦在草地上的莓来进行加血加蓝等补给。
7. 时间系统变化：究极日月中，时钟被统一调整为永远按照太阳和月亮的位置呈现，无论何时游戏都会是昼夜交替。
8. 小游戏新增：究极日月中新增了各种可爱的小游戏，玩家可以通过这些小游戏来获取宝可梦，更好地增强自己的团队。
