《丑女神医农门太子妃》的大结局如下：
1. 皇上终于被揭发真相，痛斥太子殿下和权臣们的恶行。太子失去继承权，悔过自新。
2. 容颜被爆出是皇后的私生女，最终皇上凭心而论，承认容颜为皇后的女儿，并给予了合理的地位和待遇。
3. 良儿也因为自己的才华获得了官职，并帮助阿华、九姑娘等人度过难关。
4. 阿华成为了太子的另一半，两人相爱，共渡余生。
5. 最终，所有的坏人都受到了应有的惩罚，正义得以伸张。
本剧以“美貌不足以代替真正的才华”为主旨，强调内在的力量比外表更加重要。通过女主角的经历，揭示了人性中的善恶之间的斗争，展示了美好心灵的力量。
