跨区预缴的企业所得税可以通过以下步骤申报：
1. 首先需要选择合适的申报渠道，比如国家税务总局网站或线下税务局等。
2. 登录申报系统，并输入企业的税务登记信息，包括纳税人识别号和所在地等等。
3. 根据企业实际情况填写申报表格，其中需要注意的是涉及到跨区预缴的部分，需要特别注明。
4. 确认填写内容无误后，提交申报表格并进行在线支付。
5. 根据相关规定，还需要在申报时上报企业所得税汇算清缴申报表。
6. 完成申报后，如果存在任何异议或疑问，需要及时向税务机关咨询并进行核实。
7. 最后，企业需要按时缴纳剩余的税款，并及时核对是否扣除了已经预缴的部分。
