入团申请书是由团委或团支部保管的，具体可以分为以下几个方面进行解释：
1. 团委或团支部负责团员管理和组织工作，因此入团申请书属于团务范畴，由团委或团支部保管是比较合适的。
2. 入团申请书是入团的重要证明材料，应当妥善保管，以防遗失或损坏。团委或团支部都有相应的档案室或保管柜，可以安全地保存入团申请书等文件。
3. 对于审核入团申请的程序和流程，团委或团支部都有相应的制度和规定，入团申请书也需要按照这些要求进行审查和审核。如果入团申请书被分散保管，可能会给审核和审批工作带来一定的不便和风险。
4. 团委或团支部可以对入团申请书进行保密处理，以确保申请者的个人隐私和资料安全。如果入团申请书在外流传或被泄露，可能会给申请者带来不必要的麻烦和风险。
综上所述，入团申请书是由团委或团支部保管的，这样可以确保其安全性、审批程序的顺畅性以及申请者个人信息的保密性等方面的要求。
