苏州新区站和苏州站是两个不同的火车站，它们有以下主要区别：
1. 地理位置：苏州新区站位于苏州新区距离市区中心较远的地方，而苏州站则位于苏州市中心。
2. 站房规模：苏州站建于20世纪50年代，是一座老式的火车站，其站房规模较小；而苏州新区站则在近几年新建，其站房面积较大。
3. 功能定位：苏州新区站主要服务于苏州新区和周边地区，担负起了通往上海、南京等城市的快速客运任务；而苏州站则是苏州市内最大的火车站，既有高铁动车开往大中城市，也有普速列车行驶连接邻近乡村的线路。
4. 进出站方式：苏州新区站没有传统的过街天桥、地下通道等，都采用了进站检票前通过于底层检票售票厅，同时在门口设了专门的搭载引导通道，使得这种进站方式更加直观、便捷。苏州站则设有过街天桥，乘客可以通过中心大厅进入月台。
5. 停靠车次：由于功能区别，两个车站停靠的火车方向和车次也不一样，苏州新区站主要停靠至南通、上海、北京、合肥、武汉、南昌、杭州市等地铁路货运联络线，苏州站则有更为广泛的连结，是到达省内外各大中心城市的点对点旅客列车站点。
因此，苏州新区站和苏州站并不能互相取代，乘客在选择时应根据自己的出发地、目的地及时间安排来选定合适的车站。
