福州南站和福州站是两个不同的火车站，地理位置和服务设施等方面存在以下区别：
1. 地理位置不同：福州南站位于福州市闽侯县龙山镇，南距离市中心较远；福州站则位于福州市鼓楼区三叉街，接近市中心。
2. 功能不同：福州南站主要承担高速、动车组列车的停靠，而福州站则承接长途、普通列车的停靠，两者的列车种类不同。
3. 接驳交通不同：福州南站有地铁1号线和2号线通过，方便市民到达；福州站则有多条公交线路和出租车服务。
4. 服务设施方面：福州南站设施较新，建有商业广场、餐厅、售票厅等设施；福州站历史悠久，部分设施更新改造程度不够。
5. 海陆空联运：福州南站与福州长乐国际机场、福州港相连结，并有多个国内航班、海运航线直达；福州站则未有此类集成化服务。
