环境保护部门的备案手续是指企业或单位按照相关法规规定，向环境保护部门办理相关备案手续的过程。以下是进行环境保护部门的备案手续的基本流程：
1.查看有关法规要求：企业或单位需仔细查看相关法规要求，了解自己的备案需要哪些具体手续。
2.收集必要资料：企业或单位需要准备必要的公司注册文件、环评报告等，以及相关技术参数、设备清单等资料。
3.提交备案申请：将上述准备好的资料提交至当地环保部门进行备案申请，填好申请表并盖章。
4.备案审批：环保部门对备案申请进行审核，如同时申请多个环保许可证则需进行综合审批。
5.批复备案证书：环保部门审核通过后，将颁发相应的环保备案证书，并同时颁发环评与排污许可证。
6.定期检查：对于已经获得环评与排污许可证的企业或单位，应当按照规定进行定期检查并对可能出现的环保问题进行及时整改。
