农村合作医疗和社会保险是两种不同的社会保障体系，它们的存在并不一定会产生冲突。但是，在实践中，可能存在以下冲突：
1. 资金来源不同。农村合作医疗的资金主要来自农民团体和政府财政补助，而社会保险则是由企业和职工缴纳。如果农民自愿加入社会保险，那么他们需要承担更高的缴费额度，这可能会与农村合作医疗的经济水平不相适应，造成负担过重。
2. 给付标准不同。农村合作医疗和社会保险的给付标准不同，可能会引发争议。例如，一些农村地区的医疗水平较低，治疗费用也相对较低，此时，农村合作医疗可以满足基本需求；但在城市地区，医疗费用相对较高，需要更多的保障，此时社会保险可能更合适。
3. 农村居民参保意愿不同。农村居民的参保意愿与城市居民略有不同。在一些偏远的农村地区，居民可能更愿意参加农村合作医疗，因为该保险的限制比较少，报销更方便；而在城市地区，社会保险则更受欢迎，因为它覆盖面更广，保障更全面。
总之，农村合作医疗和社会保险都是社会保障体系中的重要组成部分，它们在不同的情况下具有不同的适用性和优势，并不存在明显的冲突，需要根据实际情况进行选择和补充。
