1. 形态上的区别：三斑海马体型比较小，通体金黄色，头部稍微宽大而且不像普通海马那样突出；普通海马则是通体细长，头部明显浓缩并且向上弯曲。
2. 身体花纹上的区别：三斑海马背部和尾部有黑白相间的三个斑点，这也是其名字的来源；而普通海马则有更多的身体花纹，涵盖了许多颜色，如棕色和绿色等等。
3. 生活习性上的区别：三斑海马和普通海马都是海洋生物，但他们栖息的地方和喜食的食物有所不同。三斑海马一般常出现在寒冷的珊瑚区域，而普通海马则可以在浅海到深海、多种环境下都有分布。此外，三斑海马主要以浮游生物为食，而普通海马则以底栖动物为主要食料。
4. 种类上的区别：三斑海马是一种较为罕见的品种，而且分布地区比较局限；普通海马则是一种比较普遍的品种，海洋环境中可以很容易地找到其踪迹。
5. 繁殖习性上的区别：三斑海马和普通海马都是雌雄异体动物，但其产卵和孵化的方式有所不同。普通海马将受精的卵直接放在雄性海马的育儿袋内并培育孵化；而三斑海马则通过一种被称为胎生的方式，即受精后母亲在体内进行胚胎发育和分娩。
