支付宝公交卡使用的钱主要来源于以下几个方面：
1.用户充值：用户将自己的银行卡或余额充值到支付宝中，再使用支付宝公交卡进行乘车付款。
2.支付宝与公交卡公司的合作：支付宝与一些城市的公交卡公司合作，通过技术连接公交卡系统，用户使用支付宝公交卡支付时，支付宝将实时向公交卡公司支付对应的车费。
3.银行的支付服务：如果用户没有将自己的银行卡或余额充值到支付宝中，支付宝也可以在用户付款时通过银行的支付服务直接从用户的银行卡中扣款，然后再支付给公交卡公司。
需要注意的是，用户使用支付宝公交卡支付时，支付宝是需要收取一定手续费的，这部分费用将会从用户的账户中扣除。同时，如果用户在使用支付宝公交卡乘车时，出现了异常情况而需要退款，退款也会视支付宝与公交卡公司的具体合作形式而异。
