1.职责不同：典狱长是军队戒毒所的负责人，主要职责是管理戒毒所内的军队服刑人员，确保其安全与健康；监狱长则是监狱的负责人，主要职责是管理监狱内的服刑人员，确保其安全、改造与重返社会。
2.警种不同：典狱长属于军队系统，是指挥军事戒毒单位的高级军官；监狱长则属于公安系统，是担任监管赋有法定职权的司法机关的行政领导。
3.地位不同：典狱长在军队内地位比较高，一般是上校或者大校级别；而监狱长则相对来说地位稍微低一些，一般在公安局中的领导层次。
4.管理对象不同：典狱长管理的都是军队服刑人员，而监狱长管理的则可能既有犯罪分子也有普通民众，且监狱类型各异，例如女子监狱、少年监狱等。
5.工作范围不同：由于管理对象不一样，典狱长和监狱长的工作范围也不同。典狱长需要考虑军队服刑人员在受刑期间继续保持应有的战斗力，所以他们的训练和教育任务是相当重要的；而监狱长需要更多关注于服刑人员的心理改造、社会适应性及重新融入社会等方面。
