日剧silent男二中的耳朵是因以下原因而聋的：
1.遗传倾向：宫崎博士在剧中提到，男二所处家族有聋人基因，可能是由于这个原因造成他聋。
2.感染或药物：男二小时候曾经感染了麻疹，而且服用过高烧药物，这些因素也有可能对耳朵产生负面影响，导致他聋。
3.噪音：男二从小喜欢听音乐，而且曾经长时间戴耳机听音乐。长期处于高分贝的音乐环境下，加上耳机直接在耳道内，极易引起噪音性聋。
4.外伤：男二曾因为意外事故受过一次较大的头部创伤，这也可能是造成他耳朵受损的原因之一。
总体来说，男二聋的原因可能是多方面的，但最终导致他失去听觉的原因尚不确定。
