不同的地区，新农合保险指定范围内的医院不同，但一般省级、地级、县级、公有医院、乡镇卫生院等都包括在内。
门诊补偿
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
中药发票附上处方每贴限额1元。
镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
住院补偿
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
大病补偿
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
新型农村合作医疗基金报销支付特殊病种有：恶性肿瘤化疗、放疗；重症尿毒症的血透和腹透；组织或器官移植后的抗排异反应治疗；精神分裂症伴精神衰退；系统性红斑狼疮（有心、肺、肾、肝及神经系统并发症之一者）；再生障碍性贫血；心脏手术后抗凝治疗。其余可报销的特殊病种，以当地具体政策为准。
特殊病种的特定门诊治疗包括治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理，一般辅助治疗不列入报销范围。
