手机的操作系统，一般只能识别FAT32，不能识别EXFAT。所以，二者的实际区别是，如果格式化为EXFAT，手机就不认识了。
FAT32：这个一般是针对小硬盘的，比如40G。优点是兼容性最好，苹果、手机都能读，缺点是单个文件支持4G最大。
NTFS：这个是目前在PC机上使用最广泛的格式，单个文件超过4G毫无问题。缺点是读写频繁，不适合在U盘等闪存盘是使用。移动硬盘推荐用这个。
EXFAT：这个是微软为解决FAT32的缺点特别推出的，闪存盘专用。既没有NTFS的寿命短的缺点，也能放大文件。闪存盘首选，支持16G最大。考虑到现在视频大小问题，EXFAT更有优势。
扩展资料：
FAT32是分区格式的一种。这种格式采用32位的文件分配表，使其对磁盘的管理能力大大增强，突破了FAT16对每一个分区的容量只有2 GB的限制。由于现在的硬盘生产成本下降，其容量越来越大，运用FAT32的分区格式后，我们可以将一个大硬盘定义成一个分区而不必分为几个分区使用，大大方便了对磁盘的管理。但由于FAT32分区内无法存放大于4GB的单个文件，且性能不佳，易产生磁盘碎片。目前已被性能更优异的NTFS分区格式所取代。
FAT32(File Allocation Table)具有一个最大的优点：在一个不超过8GB 的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大地减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。目前，支持这一磁盘分区格式的操作系统有Win95、Win98、Win2000、Win2003、Win Vista、Win7和Win10。部分智能手机也支持对FAT32格式存储器的直接读写（OTG）。但是，这种分区格式也有它的缺点，首先是采用FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢。
exFAT（Extended File Allocation Table File System，扩展FAT，也称作FAT64，即扩展文件分配表）是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一种适合于闪存的文件系统，为了解决FAT32等不支持4G及其更大的文件而推出。对于闪存，NTFS文件系统不适合使用，exFAT更为适用。对于磁盘则不太适用。
exFAT的U盘不是很在意U盘的存取效能，那么现在市面上4G、8G的MLC U盘可以说一点都不贵，这种容量对FAT32支持的单一分割最大容量（32GB）并不成问题，不过超过4GB的文件就有点麻烦。 虽然说很少有单一文件超过4GB的机会，但不代表完全没有：如BD影片的Remux文件、BD/HD影片的原始文件、无损音乐爱好者的未压缩音频文件、DVD光碟的ISO文件、从DV上撷取下来的AVI文件等等，想要完整备份就得选择NTFS或exFAT做为储存格式。
参考资料:百度百科-exFAT百度百科-FAT32
