可以一起办理。二者同时办理不受影响。
目前护照和港澳通行证都可以在全国任意地方的县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构进行申请办理。
护照与港澳通行证办理程序如下：
1、申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理部门提交申请材料并按规定采集指纹信息；
2、受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具《受理申请回执单》；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
3、审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定，不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
4、申请人领取证件。
扩展资料：
一、办理护照及港澳通行证需要准备资料
（一）申请人居民身份证
（二）费用：护照120元/本，港澳通行证；往来港澳通行证每证80元，往来港澳一次有效签注每件15元，二次有效签注每件30元，短期（不超过一年）多次有效签注每件80元，一年以上（不含一年）两年以下（含两年）多次有效签注每件120元，两年以上（不含两年）三年以下（不含三年）多次有效签注每件160元，长期（三年以上，含三年）多次有效签注每件240元。
二、护照与港澳通行证办理其他注意事项
（一）登记备案的国家工作人员的除提交1、2、3、4项的申请材料外，还应提交本人所属工作单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意办理普通护照的意见；
（二）现役军人除其提交第1、2项的申请材料外、还应提交本人的身份证明（如身份证、军官证等）及复印件，以及具有审批权的军队系统主管部门出具的同意办理普通护照的意见。
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