组织机构代码证逾期需要到当地质检部门缴纳罚金并换证。
2015年8月，工商总局等六部门发出关于贯彻落实《国务院办公厅关于加快推进“三证合一”登记制度改革的意见》的通知。湖北、山东、广东等省份已经全面实施该项制度，新的“三证合一、一照一码”的营业执照可免费换领。2015年底前，全国将全面推行“一照一码”登记模式。
组织机构代码证逾期换证需带齐以下资料到当地质检局办理。
1）按申办主体：
a)企业（含个体工商户）：有效营业执照副本原件及复印件；
b)机关：政府机构编制部门批准成立的有效批文复印件；
c)事业单位：有效事业单位法人证书原件及复印件；
d)社团或工会：有效社团登记证或工会法人资格证副本原件及复印件；
e)民办非企业：有效民办非企业登记证副本原件及复印件；
f）其它机构：相关登记批准机构批准成立的有效批文或证照的原件及复印件；
2）法人单位应提交法人代表身份证原件及复印件，非法人单位提交负责人身份证原件及复印件；如果法定代表人或负责人为港、澳、台人士或外国人，则提供回乡证、台胞证或护照的原件及复印件。
3）经办人身份证原件及复印件；
4）代码证书正副本和代码卡原件；
5）变更单位名称还需提交工商局变更通知书原件及复印件；变更法人代表或负责人需提交相关任命文件（证照上已标明的除外）。
6）遗失补办需提供加盖单位公章和法人私章的遗失证明和未遗失的代码证复印件，遗失补办正本还需在深圳特区报或商报上刊登遗失声明，并提供报纸原件。
7）企业分支机构、机关非法人、事业单位、社团法人、民办非企业还需提交主管单位的组织机构代码证复印件。
8）如果代码工作人员经审核后认为申请材料仍存有疑义，则申请单位还需按要求提交相关证明材料。
自2015年1月1日起组织机构代码证免费办理(不再收取工本费)。
