详细资料:
全新Cross-Plane曲轴引擎、全新Delta Box车架
全新998cc四冲水冷直四引擎，超高性能直迫MOTO GP厂车M1。配合全新设计的铝合金Delta Box车架，YAMAHA深信新一代R1创立了一公升级跑车的新标准。
鼓动人心是09年YZF-R1引擎曲轴采用厂车M1的曲轴设计的cross-plane十字式曲轴。
何谓十字式曲轴？意思是指曲轴的横切面呈十字形状。一般并列四汽缸的曲轴都呈一字形状，而09年YZF-R1则破天荒采用十字式曲轴！到底Cross-Plane曲轴有何好处呢？
十字式曲轴
特点是可以实现非对称式的点火间断时间，以制造车手拥有更多主动权的扭力。传统直四引擎的点火间断时间是180o - 180o - 180o - 180o，一号、四号汽缸和二号、三号汽缸分成两组活动。 但09年的YZF-R1的四个汽缸都是独立运作，以270° - 180° - 90° - 180° 非对称的点火间断来减低机件的惯性扭力，让车手可以有更多主动权，利用油门更精准地制作扭力。 新R1的四个汽缸完全独立运作，除了在低转时有丰厚的扭力之外，在全区域转数中都有很好的线性表现。为了配合非对称式点火间断，新R1的供油程式也作出相应修改，发展出四组独立的供油和点火时间。新R1当然配有减震平衡轴，老实说，只有傻瓜才会喜欢震荡呢：) 换句话说，新R1可以让车手在车身倾斜的情况下，更精确地驾驭和使用大马力，在弯心和出弯时拥有更大优势。配合全新车架、尾摇臂和头尾避震系统，全新R1便能以更精密的形态，更准地调控重心的分布。十字式曲轴除了可以更准确地控制扭力之外，排气声也更有性格更迷人。 相比起现款R1，09年R1的曲柄直径由32mm增至36mm，以应付十字式曲轴的需要。全新YZF-R1的引擎压缩比是12.7:1，缸径冲程分别是78.0 mm x 52.2 mm(旧款是77mm x 53.6mm)，缸径比高达1.49，是超级over-square的超跑设定。新R1的峰值马力(自然吸气模式，未计ram-air模式)是182ps/12,500rpm，扭力是11.8kg-m/10,000rpm。比起07年的R1轻微增加了2ps马力和0.3kg-m扭力。 Yamaha是第一间车厂够胆够实力，把十字式曲轴投放在市贩跑车上。市贩跑车不会跑一次便有专人团队去检修一次，所以表现一要稳定，需要相当精确的计算和配套。这方便足见Yamaha的实力去到那一个层次。 新R1其他高科技配件，例如轻量化高刚性的锻造活塞或钛合金哇佬脚、镀上特别合成陶料的抗磨耐高温汽缸壁，都是理所当然不用再提的「必然」配套。
Delta Box车架
全新制作的铝金金Delta Box车架和镁合金尾摇臂，不同部份采用不同的铝合金材料来营做出平衡的刚性。 09年YZF-R1车架的横向刚性经过调整。以31度前倾(较上款少了9度)的新引擎，也是车架的结构成员之一。新引擎与车架的接驳位置和方法都经过改良，并向前移了12mm。18升新油缸的重心也比上款为低，设计上也减轻了不用燃油存量对车体重心的影响。 全新R1的整体车身较紧凑小巧，累计的效果是新布局提升了高速的稳定性和整体的操控性，有利出弯时对尾轮牵引力的掌握和发挥。
YCC-I(Yamaha Chip Controlled Intake)
在09年R1身上，仍然有YCC-1可变式进气行程系统。当转数在9,400rm以下时，进气行程较长，以制造较稳定的进行惯性。当转数超过9400rpm之後，进气导管一分为二，让有效的进气行程变短，以利吸入更多空气。
YCC-T(Yamaha Chip Controlled Throttle)
新R1既然有YCC-I，当然会有YCC-T电子油门。由电脑控制的喷咀和蝴蝶掩，接收了人手指令後，再计算当时车速、波段、温度和风油比等资料，然後以百份之一秒的间断速度，不停调较供油份量和活瓣的开启角度，以制造最准确，效益最高的燃烧效果。
其他改良
风盒的进气途径经过修改，以便在高速时捕足更多自然风压。防锁尾辘的滑式极力子，四出二出一再出二的全新排气系统，汇合点设有催化器和O2感应器。
避震系统
高低速独立调较的尾避震拥有120mm行程，连杆关节部份经过改良，令避震行程更顺滑稳定。全新设计的头避震系统，采用43mm倒立前叉，而且左右两支叉都拥有不同的调较功能。左fork负责受压调较，右fork负责回弹调较。左右独立调较的设计，优点是简化避震叉筒的复杂结构和缩短调整时间。
制动系统
R1采用310mm双碟配四点式六活塞卡钳，碟身重量有所减轻，提高操控灵敏度。尾碟直径是220mm，配上双活塞铝合金卡钳
