新政府企图摧毁国民运动，于是通过了一个伊斯兰教长颁布的教令。该教令提到，真正的教徒不应该参与民族主义活动。政府还私自判处阿塔土克及一些显著的民族主义者死刑。安卡拉一位叫里法特·伯雷克奇的回教法典权威为国民运辩护，发表一条抵消法令，宣称首都已被协约国及菲利帕夏控制，而国民运动的目的是要从敌人手中解放苏丹。 阿塔土克预计，即使他返回首都，协约国也不会放过他，所以他留在安那托利亚。他将代表大会的总部由埃尔祖鲁姆转移到安卡拉，使他能够尽量接触到更多到伊斯坦布尔开会的议员。他又开办名为《国家主权》的报章，讲述土耳其及其他地区的民族运动。
阿塔土克宣称土耳其唯一的合法政府是位于安卡拉的代表大会，所有民事及军事官员都效忠这个政府。这一说法获得广泛支持和认同。鄂图曼大会在此时已完全由协约国掌控。 阿塔土克向政府官员及部队司令传递信息，要求他们实行大国民议会的代议选举，大国民议会的集会地点将会在安卡拉。阿塔土克呼吁伊斯兰世界协助，让所有人都知道他在为苏丹奋斗。他又表明他想将哈里发从协约国的控制下解放出来。他计划要在安卡拉筹组新的政府和国会，并请求苏丹承认。
在协约国搜捕之前，大量阿塔土克的支持者涌往安卡拉，包括阿塔土克在军事部门的工作伙伴哈利德·埃迪普、阿德南·阿迪瓦尔、伊斯麦特·伊诺努、还有国会主席贾拉尔德丁·阿里夫、报章《延京》的创办人尤纳斯·那迪·阿巴利奥古。1920年3月31日，埃迪普及阿迪瓦尔在盖韦会面。这两名知识份子讨论设立新闻机构的必要性，将之命名为阿安多卢。他们在安卡拉与阿塔土克会晤，即时提议宣布在安卡拉设立阿安多卢。阿塔土克想向全世界传达新闻故事，他强调将民族斗争传遍国内外的重要性。贾拉尔德丁·阿里夫出逃首都带来了很大的影响，他说奥斯曼帝国议会被非法解散，停战协定并没有赋予协约国解散奥斯曼帝国议会的权力，而1909年宪法亦将苏丹解散国会的权力取消，以防止1879年阿卜杜勒·哈米德二世解散国会的事重演。
约有100名奥斯曼帝国议会议员成功逃离协约国的搜捕，参与民族抵抗团体举行的全国选举。伊斯麦特·伊诺努成为代表埃迪尔内的议员。1920年3月，土耳其革命者宣布，土耳其民族在安卡拉建立了他们的国会，名为大国民议会，拥有所有政府实权。1920年4月23日，大国民议会召开第一次会议，选举阿塔土克为首任总统、伊诺努为总理。这个新政权决意抵抗首都政府。 安那托利亚存在着多支军事力量，包括英军、阿默特·安札武尔以及苏丹的军队。苏丹从他的回教军队里分出4000人，并运用协约国的资源另外建立一支最初部署在伊兹尼克、2000人的非穆斯林军队。苏丹政府派遣军队开往革命者及反革命暴动的地点。
英国不认为那些革命者很难对付，英方于是仅运用非常规力量去对付起义。由于民族主义者遍布整个土耳其，军队分成了许多小队。在伊兹密尔，这里有两个营的英军，军官都住在鄂图曼的战船尤乌斯上，这支部队被用作击溃阿里·福阿德·哲别索伊及瑞菲特·贝尔旗下的支持者。
1920年4月13日，战事在迪兹杰爆发。4月18日，战火蔓延至博卢。4月20日，杰里德也爆发战事。奥斯曼帝国议会给予回教军队半官方的权力，阿默特·安札武尔在起义里扮演着重要的角色，他被授命前往讨伐革命者。1920年6月14日，双方在伊兹密尔附近交火。阿默特·安札武尔部及英军的数量压倒起义军，但有一些回教军队在阵前叛投起义军，这显示苏丹得不到部下坚实的支持，馀下的回教军队撤到英军的后方稳住阵脚。
是次军事冲突带来了严重后果。英军向起义军开火，又从空中投下炸弹，迫使起义军撤退，伊斯坦布尔城内一片恐慌。英军司令佐治·米恩（George Milne）要求增援，使英方开始实施一系列的行动对付土耳其民族主义者。法国陆军统帅费迪南·福煦就事件签署一份调查报告。报告得出了结论，土耳其需要部署27个师的兵力。英军并没有27个师可以分配，如此大规模的部署可能会导致灾难性的政治后果。第一次世界大战刚刚结束，公众不会支持另一场漫长且代价高昂的征战。 在发表阿马西亚公告之前，阿塔土克与一位布尔什维克代表谢苗·布琼尼上校会面。布尔什维克意图吞并高加索部分地区，包括亚美尼亚民主共和国，亚美尼亚民主共和国曾经是沙俄的一部分。布尔什维克视土耳其为一个缓冲地区及共产主义盟友。阿土塔克回覆说：“这问题要延后讨论，直至土耳其独立。”阿塔土克以此来争取俄国对国民运动的支持。
阿塔土克首要的目的是要确保能够得到武器，这些武器主要来自苏联、意大利及法国。这些武备，特别是苏联那些，使土耳其人能有效武装军队。签订卡尔斯条约后，土耳其民族主义者允诺割让纳希切万及巴统，以换取苏维埃的支持及资金。1920年8月4日，莫斯科的土耳其代表里札·奴尔发出一通电报，说60支克虏伯大炮、3万发炮单、70万发手榴弹、1万发地雷、6万口罗马利亚刺刀、150万支鄂图曼步枪、100万支俄国步枪、100万支曼里夏步枪，甚至还有一些先进的马蒂尼－亨利步枪以及25000口刺刀很快就归土耳其民族主义者所有。 鄂图曼政府签署《色佛尔条约》，条约列明保留政教合一制度，伊斯坦布尔仍归苏丹管治。色佛尔条约不被民族主义者所认同，他们认为色佛尔条约并不是要确立边界，也没有为人民的利益设想，鄂图曼政府只是为了短暂的外交利益而签署。
此外，韦尼泽洛斯为希腊从中得益，其他国家要让希腊占领那些地区。三国协约原本不希望那些被希腊占领的地区把保加利亚及安那托利亚分离，但他们并没有足够的实力获取那些地区。 《布列斯特-立陶夫斯克条约》及《巴统条约》界定了亚美尼亚民主共和国及奥斯曼帝国之间的边界。不过在《穆德洛斯停战协定》签订后，土耳其东面的边界已与条约订立的有所不同。三国协约谈论海外亚美尼亚人的诉求及重塑边界的事情。十四点和平原则可作为亚美尼亚的动机，如果亚美尼亚人能够证明他们在土耳其东部占多数的人口，他们就能占据这些地区。亚美尼亚人在边界的活动经常被用作重塑边界的论据。伍德罗·威尔逊同意将这些地区转让给亚美尼亚，因为这些地区主要由亚美尼亚人控制。这些讨论的结果都写在色佛尔条约上。有一股从东南面来的亚美尼亚人获得法国的支持，法国-亚美尼亚协定承认亚美尼亚在西利西亚的主权，法国则可建立亚美尼亚籍法国军团，以联合亚美尼亚民主共和国及获法国支持的那股亚美尼亚人。亚美尼亚可得到更多的资源，以抗衡布尔什维克的扩张。
独立战争其中一场重大的战役在亚美尼亚及土耳其的边境上展开，虽然希腊在西面威胁着土耳其人，但土耳其人仍能在这里发动攻势。卡兹姆·卡拉贝克尔分别在两份报告上论述土耳其东部的形势，详述亚美尼亚民主共和国的活动。俄国政府向土耳其人传送一个讯息，俄国与亚美尼亚、俄国与伊朗的边境已置于俄国的控制下。当时的土耳其较为落后，并没有本土的军事工业，俄国的协助至关重要。巴基尔·森米·贝伊被派往与俄国会谈，俄方要求土耳其割让凡城及比特利斯予亚美尼亚，这对土耳其民族主义者来说不可接受，他们还要面对另一些难题，包括对亚美尼亚人侵袭的迟缓反应引起土耳其人不满、希腊的威胁以及外交联系需要协调。 外交照会还没有开始，亚美尼亚为了增加谈判筹码，驱军到奥尔图，引致奥尔图之战。奥尔图之战终止了土耳其人与俄国的会谈，不久后鄂图曼政府签署色佛尔条约。1920年7月25日，乔治亚占领阿尔特温。
卡兹姆·卡拉贝克尔率军把亚美尼亚军赶出奥尔图，并且反攻亚美尼亚，迫使亚美尼亚签署停火协议。 《亚历山德罗波尔条约》是土耳其民族主义者签订的首条条约，该条约废除了《色佛尔条约》里有关阿美尼亚在土耳其东部边境的活动。亚历山德罗波尔条约内的十项说明亚美尼亚放弃行使色佛尔条约。
与土耳其民族主义者达成和平协议后，亚美尼亚在11月底爆发共产起义。1920年11月28日，艾纳特里·海克率领第十一团红军越过阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国进入亚美尼亚，第二次苏联-亚美尼亚战争仅持续了一个星期，亚美尼亚被打败以后不再对土耳其民族主义活动构成威胁。有说法指，如果亚美尼亚满意1919年时的边界，就可以对布尔什维克的征服作出有效的抵抗。
1921年3月16日，布尔什维克与土耳其民族主义者签订一份更详尽的协议，称为《卡尔斯条约》，亚美尼亚苏维埃社会主义共和国、阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国及乔治亚苏维埃社会主义共和国也参与签署。
从亚美尼亚民主共和国掳获的武备被运送到西面对抗希腊。
西部的战争
战事起因是因为协约国，特别是英国首相大卫·劳合·乔治向希腊保证，只要希腊站在协约国一方，希腊就能得到奥斯曼帝国的领土，包括色雷斯东部、伊姆罗兹岛、特内多斯岛以及安那托利亚西部伊兹密尔附近的地区。希腊还想占据昔日拜占庭帝国的首都伊斯坦布尔，达成伟大理想，但协约国不允许。
三国协约决定让希腊占领伊兹默尔附近的地区及小亚细亚西部的艾瓦勒克，原因是想要抢先意大利染指土耳其的南海岸，当中包括安塔利亚，三国协约担忧意大利的扩张，于是让希腊占领这些地区作为解决办法。
1921年5月28日，希腊人在艾瓦勒克登陆，艾瓦勒克在巴尔干战争之前是一个通行希腊语的小镇。主要来自克里特的希腊人进驻艾瓦勒克，赶走这里的土耳其居民。曾经是奥斯曼帝国的中将阿里·锡天卡耶组织土耳其群众进行抵抗，还有一些土耳其人加入了雷希特、铁菲克、泽克兹·伊泽姆，这些部队有很强的决心抵抗希腊，因为他们已经后无退路。雷希特、铁菲克及泽克兹·伊泽姆是高加索人，他们在故乡高加索被俄国及亚美尼亚驱赶出来，来到爱琴海海岸附近定居。希腊军首次与这些人爆发战斗。阿塔土克命劳夫·奥尔贝协助阿里·锡天卡耶、雷希特、铁菲克及泽克兹·伊泽姆。劳夫·奥尔贝也是高加索人，他设法联系这些抵抗团队，让他们切断希腊军的补给线。
由于意大利早前在安塔利亚登陆，协约国遂决定允许希腊在伊兹密尔登陆。为了应付意大利吞并有大量希腊人的小亚细亚地区，希腊总理韦尼泽洛斯取得协约国的准许，让希腊军队在伊兹密尔登陆，宣称是要保护人民免受骚动影响。土耳其人认为韦尼泽洛斯想吞并希腊人在土耳其的居住地，但韦尼泽洛斯指出，希腊军队在伊兹密尔的目的是保护当地居民：“希腊不是要向伊斯兰开战，而是反对过时的鄂图曼政府，以及它腐败、可耻及血腥的统治，我们要解放那些主要是希腊人居住的地区。” 希腊军队在伊兹密尔登陆，民族主义者向他们开火，结果引来希腊军的粗暴报复。希腊军以此为藉口驱军深入土耳其。阿塔土克不能容忍希腊军队占据伊兹密尔。双方在争夺伊兹密尔时犯下不少暴行，例如杀害无辜平民，甚至有儿童被害。最终土耳其人将希腊军队驱赶出伊兹密尔。
决议当时土耳其东部及南部的边界已透过条约及协议确定，阿塔土克在和谈上具有发言权。民族主义者提出，希腊须无条件撤出色雷斯东部、印布洛斯岛及忒涅多斯岛，而色雷斯的里查河则作为边界，重返1914年的状况。
法国、意大利及英国邀请阿塔土克到威尼斯商讨停火。阿塔土克要求在穆丹雅举行会谈。1921年10月3日，停火会谈在穆丹雅展开，最终签署穆丹雅停战协定。
