追溯历史，华西医院起源于美国、加拿大、英国等国基督教会在成都创建的仁济、存仁医院、仁济女医院。（备注：仁济医院创建于1892年，存仁医院创建于1894年，仁济女医院创建于1896年）
1913年，华西协和大学在此基础上成立学院，并将两院作为医学院教学医院。
1937年，抗日战争全面爆发，中央大学、燕京大学、齐鲁大学、金陵大学、金陵女子文理学院内迁成都，与华西协合大学联合办学办医。
1938年，在原教学医院基础上组建中央、齐鲁、华西三大学的联合医院，并迁于现址（包括现在的医院办公大楼、水塔楼老住院部、第八教学楼在内的在当时国内最具规模的医学城堡），时称新医院。
1946年抗战胜利后，各大学回迁，医院改名为华西协合大学医院，华西协合大学医院在现址全部建成，简称华西医院。
1950年，新中国人民政府接管华西协合大学，华西协和大学更名为华西大学，医院更名为华西大学医院。
1953年，华西协和大学经院系调整为四川医学院，医院更名为四川医学院附属医院。
1985年，四川医学院更名为华西医科大学，医院更名为华西医科大学附属第一医院。
1993年，华西医院将企业财务管理的成本核算方法引入医院科室的经济核算工作，并将管理效果与科主任的任用和考核结合。
2000年，四川大学与华西医科大学合并，医院更名为四川大学华西医院。
2005年，在卫生部医院管理年活动督导检查中，华西医院以优秀的成绩通过考核。
2006年，医院党政班子明确了医院的战略定位：建设“疑难重症的国家级诊疗中心、高等医学教育的国家示范基地、医学科学研究和技术创新的国家级基地、以我院为中心的区域性健康维持网络”。
