是的，IWC万国表的打磨操作如果不当可能会影响防水性能，但专业维修可以避免这一问题。IWC表壳的防水主要依赖于表冠、底盖和表镜处的橡胶密封圈。在打磨过程中，如果表壳被过度抛光或磨削，可能会导致表壳厚度减少，从而使密封圈无法紧密贴合，破坏防水密封性。此外，如果打磨时未正确拆卸表冠或底盖，也可能损伤密封圈。
为确保防水不受影响，建议由IWC授权服务中心或经验丰富的专业技师进行打磨。他们会先拆除机芯和密封圈，然后使用精密工具控制打磨深度，保留表壳的原始几何形状。打磨后，技师会更换新的密封圈，并进行防水测试（如加压至3巴或更高），以验证防水性能。日常佩戴中，即使打磨后防水正常，也建议每3-5年检查密封圈，避免老化导致进水。
总之，只要由专业人士操作并更换密封圈，IWC手表打磨后防水功能可以完全恢复。自行打磨或非专业操作则风险较高，可能导致防水失效。